2000年10月，經(jīng)省政府（蘇編〔2000〕21號和44號）批準,由原江蘇省衛(wèi)生防疫站（省結核病防治所）、江蘇省職業(yè)病防治所（省職業(yè)病防治院）、江蘇省衛(wèi)生宣傳教育所和江蘇省皮膚病防治研究所（省性病監(jiān)測中心）合并組建江蘇省疾病預防控制中心，是直屬江蘇省衛(wèi)生和計劃生育委員會領導的主要從事疾病預防控制工作的公益性事業(yè)單位。2002年3月、2008年7月增掛江蘇省衛(wèi)生檢測檢驗中心、江蘇省公共衛(wèi)生研究院。2013年，加掛“國家食品安全風險監(jiān)測江蘇中心”和首批“國家食品安全風險監(jiān)測參比實驗室（有機污染物）”。2015年，加掛江蘇省公共衛(wèi)生實踐教育中心。2014年成功建設申報“國家醫(yī)師資格考試實踐技能考試與考官培訓基地（公衛(wèi)類別）”。中心現(xiàn)有在職在編職工487名，其中，專業(yè)技術人員440人，研究生以上學歷205人，正高級技術職務73人，副高級技術職務94人?，F(xiàn)轄31個部門（室、科、所），其中職能部門9個、業(yè)務部門18個，其它科室3個，主要有急性傳染病防制、慢性傳染病防制、慢性非傳染病防制、性病與艾滋病防制、免疫規(guī)劃、消毒與媒介生物防制、食品安全與評價、兒童青少年健康促進所（學生健康管理辦公室）、環(huán)境疾病（地方?。┓乐啤⒎派浞雷o、職業(yè)病防治、毒理與功能評價、理化檢驗、病原微生物研究、健康教育與健康促進、公共衛(wèi)生信息等專業(yè)部門，主辦《江蘇預防醫(yī)學》、《江蘇衛(wèi)生保健》雜志。中心成立以來，不斷提升裝備水平，改造完善基礎設施，占地面積2.79萬平米，2014年省突發(fā)公共衛(wèi)生應急處置中心大樓建成并投入使用。辦公科研實驗用房達4萬平米，固定資產(chǎn)4.04億，50萬元以上儀器設備146臺2.31億。2012年，建成國家衛(wèi)生計生委“急性傳染病防控隊伍”和“核和輻射突發(fā)事件衛(wèi)生應急隊伍”兩支國家級應急隊伍。中心成立以來，以國家科技重大專項和省“科教興衛(wèi)”工程為牽引，以衛(wèi)生部腸道病原微生物重點實驗室為平臺，應用研究成就斐然，連年攀升，先后獲得各級各類科技獎114項。其中省部級科技成果一等獎1項、二等獎9項、三等獎17項，市廳級科技成果一等獎26項、二等獎45項、三等獎16項，“十三五” 科教興衛(wèi)工程立項創(chuàng)新平臺1個，重點學科1個，創(chuàng)新團隊2個，重點人才3人；“職業(yè)病臨床”獲批“衛(wèi)生重點臨床?？啤?。主持國家級、省部級課題101項，其中科技部國家重大專項1項(2009、2011、2013、2015)，科技部863計劃1項，國家自然科學基金21項，省自然科學基金、支撐計劃、臨床專項46項，其他部委及人才培養(yǎng)項目32項；承擔或參與制定國家標準170項，發(fā)表論文3173篇，SCI收錄論文從無到有，累計發(fā)表380篇，其中《Journal of the Lancet》發(fā)表7篇，《The New England Journal of Medicine》發(fā)表6篇，《Nature Genetics》1篇，最高影響因子55.873，目前擁有軟件著作權34項，發(fā)明專利19項，實用新型專利專利權維持12項，標志著中心科研、監(jiān)測、檢測、應急、防控能力逐年躍升，有力保障和促進全省公共衛(wèi)生事業(yè)發(fā)展。中心在江蘇省委省政府和省衛(wèi)生計生委正確領導下，在社會各界大力支持下，堅持以鄧小平理論、“三個代表”重要思想和黨的十八大精神為指導，以建成具有國際影響力的現(xiàn)代化省級疾病預防控制中心為目標，貫徹科學發(fā)展觀，積極倡導“團結、奮進、求實、創(chuàng)新”的中心精神，依據(jù)國家法律法規(guī)，始終堅持“預防為主”的衛(wèi)生工作方針，認真履行疾病預防與控制、突發(fā)公共衛(wèi)生事件應急處置、疫情及健康相關因素信息管理、健康危害因素監(jiān)測與干預、實驗室檢測檢驗與評價、健康教育與健康促進、技術管理及應用研究指導等職能，緊緊圍繞重大疾病防制策略，愛崗敬業(yè)、勇于進取，開拓創(chuàng)新、創(chuàng)先爭優(yōu)，成功應對“9.14”湯山投毒、“非典”疫情、禽流感疫情、手足口病、甲型H1N1流感、嬰幼兒毒奶粉、“小龍蝦”事件、瘦肉精、地溝油、人感染H7N9禽流感等多起突發(fā)公共事件，圓滿完成援非抗埃國際救援保障任務，支援保障北京奧運、上海世博會、南京青奧會，特別是在應急救援“5.12”汶川特大地震、“4.20”雅安地震和“6.23”鹽城龍卷風冰雹特別重大災害、對口支援西藏拉薩、新疆伊犁和克州、四川綿竹等項目中，鍛煉了隊伍，展現(xiàn)了風貌，樹起了形象，贏得了贊譽。先后榮獲中共中央精神文明建設指導委員會“全國文明單位”, 中組部“全國防治‘非典’工作先進基層黨組織”, 人事部、衛(wèi)生部、國家中醫(yī)藥管理局“全國衛(wèi)生系統(tǒng)抗擊非典先進集體”、“全國衛(wèi)生系統(tǒng)先進集體”， 衛(wèi)生部、國家食品藥品監(jiān)督管理局、國家中醫(yī)藥管理局、總后勤部衛(wèi)生部“抗震救災醫(yī)藥衛(wèi)生先進集體”，人社部、國家衛(wèi)生計生委“全國艾滋病防治工作先進集體”，人社部、國家衛(wèi)計委、中宣部、外交部、商務部、解放軍總政治部、解放軍總后勤部“埃搏拉出血熱疫情防控先進集體”, 國家衛(wèi)生計生委“全國疾病預防控制工作先進集體”, 中華全國總工會“全國五一勞動獎狀”，中國教科文衛(wèi)體工會全國委員會“全國教科文衛(wèi)體系統(tǒng)模范職工之家”,江蘇省總工會“江蘇省五一勞動獎狀”、“工人先鋒號”、“模范職工之家”,江蘇省委省政府“全省防治‘非典’工作先進集體”、“江蘇省文明單位標兵”等國家級和省部級表彰100多項。