1988年3月成立舟山市住房制度改革領導小組。1992年8月建立舟山市住房基金管理中心，與舟山市住房制度改革辦公室實行二塊牌子一套班子1997年9月撤銷舟山市住房制度改革領導小組，成立舟山市住房委員會，1999年9月舟山市住房基金管理中心更名為舟山市住房資金管理中心，同時增掛舟山市住房公積金管理中心，實行二塊牌子一套班子，行政隸屬舟山市城建委，負責全市住房制度改革及住房資金（公積金）的管理。2003年7月，撤銷舟山市住房資金管理中心，設立舟山市住房公積金管理中心。 2014年2月，根據《中共浙江省委辦公廳、浙江省人民政府辦公廳印發(fā)<關于創(chuàng)新浙江舟山群島新區(qū)行政體制的意見>的通知》（浙委辦發(fā)[2013]57號），舟山市住房公積金管理中心為市政府直屬的相當于副縣（處）級事業(yè)單位，參照《國家公務員法》管理。其主要職責：（一）貫徹執(zhí)行國家和省有關住房公積金管理的法律、法規(guī)和政策，具體落實市住房公積金管理委員會的決策和決定。（二）統(tǒng)一管理新區(qū)（全市）住房公積金；監(jiān)督檢查新區(qū)（全市）住房公積金法律法規(guī)執(zhí)行情況；依法查處各種違法違規(guī)行為。（三）負責新區(qū)（全市）住房公積金的核算，編制、執(zhí)行新區(qū)（全市）住房公積金的歸集、使用計劃。（四）負責新區(qū)（全市）住房公積金的歸集，審核住房公積金的提取、使用，記載新區(qū)（全市）職工住房公積金的繳存、提取、使用等情況。（五）負責新區(qū)（全市）住房公積金的保值和歸還。（六）負責單位住房公積金緩繳和降低住房公積金繳存比例申請的審核；負責向全社會公布新區(qū)（全市）住房公積金年度公報。（七）管理、指導和協(xié)調各縣（區(qū)）住房公積金管理分中心的工作，并實行統(tǒng)一決策、統(tǒng)一制度、分級核算、分級考核。（八）承辦新區(qū)黨工委、管委會和市委、市政府以及市住房公積金管理委員會交辦的其他事項。